Il Cardinale Michael Czerny, S.J. è stato ordinato sacerdote nel 1973 nella Compagnia di Gesù. Laureato in studi interdisciplinari presso l'Università di Chicago, ha conseguito il dottorato nel 1978.
Nel 1979, a Toronto, ha fondato e diretto il Centro dei Gesuiti per la Fede e la Giustizia Sociale. Si è poi trasferito in San Salvador dove ha ricoperto l’incarico di direttore dell'Istituto per i diritti umani, e successivamente quello di Vice Rettore, della Central American University.
Dal 1992 al 2002 è stato Segretario per la Giustizia Sociale presso la Curia Generalizia della Compagnia di Gesù a Roma. Nel 2002 ha fondato l’African Jesuit AIDS Network.
Dal 2010 al 2016 ha collaborato come consulente con il cardinale Peter Turkson, presidente del Pontificio Consiglio della Giustizia e della Pace.
Da gennaio 2017 è stato uno dei due Sotto-Segretari della Sezione Migranti e Rifugiati del Dicastero per il Servizio dello Sviluppo Umano Integrale.
Il 4 ottobre 2019 è stato consacrato arcivescovo titolare di Benevento da Papa Francesco, che il 5 ottobre lo ha creato cardinale diacono di San Michele Arcangelo.
Il Card. Czerny è stato nominato membro del Dicastero per l'Evangelizzazione il 21 febbraio 2020 e del Dicastero per il Dialogo Interreligioso l'8 luglio 2020.
Il 23 dicembre 2021 il Santo Padre lo ha nominato Prefetto ad interim del Dicastero per il Servizio dello Sviluppo Umano Integrale a partire dal 1° gennaio 2022.
Il 23 aprile 2022 il Santo Padre lo ha nominato Prefetto del Dicastero per il Servizio dello Sviluppo Umano Integrale.
Il 30 gennaio 2024 il Santo Padre lo ha nominato membro del Consiglio della Sezione per i Rapporti con gli Stati e le Organizzazioni Internazionali della Segreteria di Stato.