El Cardenal Michael Czerny S.J. fue ordenado sacerdote en 1973 en la Compañía de Jesús. Graduado en estudios interdisciplinares en la Universidad de Chicago, obtuvo el doctorado en 1978.
En 1979 fundó el Jesuit Centre for Social Faith and Justice en Toronto. En 1990, fue destinado a San Salvador donde asumió el encargo de director del Instituto de Derechos Humanos de la Universidad Centroamericana (UCA). Entre 1992 y 2002 fue Secretario para la Justicia Social en la Curia General de la Compañía de Jesús, en Roma. En 2002 fundó la Red Jesuita Africana contra el SIDA (AJAN).
De 1992 a 2002 fue Secretario de Justicia Social en la Curia General de la Compañía de Jesús en Roma. En 2002 fundó la Red Jesuita Africana contra el Sida.
Entre 2010 y 2016 colaboró como asesor del Cardenal Peter Turkson, Presidente del Consejo Pontificio de Justicia y Paz.
En 2017 asume el cargo de Subsecretario de la Sección de Migrantes y Refugiados del Dicasterio para el Servicio del Desarrollo Humano Integral.
El 4 de octubre de 2019 fue consagrado arzobispo titular de Benevento por el Papa Francisco, quien el 5 de octubre lo creó cardenal diácono de San Miguel Arcángel.
El Card. Czerny fue nombrado miembro de la Congregación para la Evangelización de los Pueblos el 21 de febrero de 2020 y del Consejo Pontificio para el Diálogo Interreligioso el 8 de julio de 2020.
El 23 de diciembre de 2021, el Santo Padre lo nombra Prefecto ad interim del Dicasterio para el Servicio del Desarrollo Humano Integral a partir del 1 de enero de 2022.
El 23 abril de 2022, el Santo Padre lo nombra Prefecto del Dicasterio para el Servicio del Desarrollo Humano Integral.