O Cardeal Michael Czerny, S.J. foi ordenado sacerdote em 1973 pela Companhia de Jesus. Ele é formado em estudos interdisciplinares pela Universidade de Chicago e obteve o doutorado em 1978.
Em 1979, ele fundou e dirigiu o Centro Jesuíta de Fé e Justiça Social em Toronto. Mudou-se então para San Salvador onde serviu como Diretor do Instituto de Direitos Humanos, e mais tarde Vice-Chanceler, da Universidade Centro-Americana.
De 1992 a 2002 foi Secretário de Justiça Social na Cúria Geral da Companhia de Jesus em Roma. Em 2002, ele fundou a Rede Jesuíta Africana contra a AIDS.
De 2010 a 2016 ele trabalhou como consultor com o Cardeal Peter Turkson, Presidente do Pontifício Conselho de Justiça e Paz.
Desde janeiro de 2017 ele é um dos dois Subsecretários da Seção de Migrantes e Refugiados do Dicastério para o Serviço de Desenvolvimento Humano Integral.
Em 4 de outubro de 2019 ele foi consagrado Arcebispo titular de Benevento pelo Papa Francisco, que em 5 de outubro o criou Cardeal Diácono de São Miguel Arcanjo.
O Cardeal Czerny foi nomeado membro do Dicastério para a Evangelização em 21 de fevereiro de 2020 e do Dicastério para o Diálogo Inter-Religioso em 8 de julho de 2020.
Em 23 de dezembro de 2021, o Santo Padre nomeou-o Prefeito interino do Dicastério para o Serviço de Desenvolvimento Humano Integral a partir de 1º de janeiro de 2022.
Em 23 de abril de 2022, o Santo Padre nomeou-o Prefeito do Dicastério para o Serviço de Desenvolvimento Humano Integral.
Em 30 de janeiro de 2024, o Santo Padre nomeou-o membro do Conselho da Seção das Relações com os Estados e Organizações Internacionais da Secretaria de Estado.